str_replace sollte eigentlich nicht mehr verwendet werden, da es von kommenden PHP-Versionen nicht mehr unterstützt wird.
statt dessen sollte preg_replace verwendet werden.
(Achtung arbeitet mit Regulären Ausdrücken.)
der Code sieht dann so aus:
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$Text[2] = "3,789789" ;
$Text[2] = preg_replace("/,/", ".", $Text[2]);
Echo $Text[2]
//Ergebnis:
// 3.789789
// also numerisch.